前列腺癌雄激素非依赖性转化过程中甲基化基因的筛选与初步研究

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目的:  初步筛选前列腺癌雄激素非依赖性转化过程中差异甲基化基因,为探讨甲基化改变在雄激素非依赖性转化机制中可能发挥的作用奠定基础。  方法:  1.本实验以雄激素依赖性前列腺癌(Androgen-Dependent ProstateCancer,ADPC) LNCaP细胞为实验的对照组,无雄激素环境中培养的雄激素非依赖性前列腺癌(Androgen-Independent Prostate Cancer,AIPC) LNCaP细胞即LNCaP-AI(androgen independent)细胞为实验组,两组细胞于37℃,5%CO2培养箱中培养,平均三天换培养液一次,六天传代一次。  2.应用全基因组DNA甲基化芯片(Human Methylation27 Beadchip)杂交技术以及转录组RNA测序技术,检测雄激素依赖性前列腺癌细胞株LNCaP和雄激素非依赖性前列腺癌细胞株LNCaP-AI中的差异甲基化基因。  3.采用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite genomic sequencing PCR,BSP)联合TA克隆测序检测雄激素依赖性前列腺癌细胞株LNCaP和雄激素非依赖性前列腺癌细胞株LNCaP-AI中生长因子受体结合蛋白10(Growth factorreceptor-bound protein10,GRB10)和B细胞性淋巴瘤/白血病-2基因(B-celllymphoma/leukaemia-2 gene,BCL-2)的甲基化状态。  结果:  1.发现与LNCaP细胞株相比, LNCaP-AI细胞株有990个CpG位点表现为高甲基化,涉及855个基因;2305个CpG位点表现为低甲基化,涉及1970个基因。结合转录组RNA表达结果,筛选出6个超甲基化基因:FAM111B、RAB36、PCDH、COL6A2、IGF1R、GULP1;10个低甲基化基因:EPHA3、TM4SF1、 IGFBP5、 FAM105A、ASD1、 ITPR2、CYP27B1、GRB10、BCL-2、UBE2E3。这些差异甲基化基因涉及钙离子信号通路、Wnt信号通路等多个信号通路,参与细胞的基因表达、信号传导、细胞通讯、细胞运动、细胞粘附以及血管生成等功能。  2.GRB10基因在LNCaP-AI细胞和LNCaP细胞中的甲基化率分别为9.6%、7.4%; BCL-2基因在LNCaP-AI细胞和LNCaP细胞中的甲基化率分别为14.7%、25.3%,这两个基因在LNCaP细胞和LNCaP-AI细胞的甲基化率无明显差别(P>0.5)。  结论:  本研究筛选出大量与雄激素非依赖性前列腺癌相关的异常甲基化基因,为探讨这些差异甲基化基因在前列腺癌雄激素非依赖性转化过程中发挥的作用奠定基础。进一步研究发现GRB10和BCL-2基因的异常表达与基因甲基化无明显相关,而二者是否参与到前列腺癌激素非依赖性到转化过程以及具体机制有待进一步研究。
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