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奶牛阴道微生态在子宫内膜炎发生和发展过程中起着至关重要的作用。但是，目前对于奶牛阴道内菌群结构及其与子宫内膜炎发生的关系还不清楚。本研究选取吉林省九台地区商业化荷斯坦奶牛场产后45天5头健康奶牛和5头患子宫内膜炎奶牛，通过采样器辅助棉拭子采集奶牛阴道内样品，随后利用16S rDNA结合PCR-DGGE以及克隆测序技术分析比较健康与子宫内膜炎奶牛阴道内细菌种类及其差别，最后运用荧光定量PCR技术对奶牛阴道内主要菌属细菌进行定量分析。比较健康与子宫内膜炎奶牛阴道内细菌在种类、数量上的差异及其与奶牛子宫内膜炎之间的关系。研究结果如下：患子宫内膜炎奶牛阴道内样品DGGE图谱的条带数量、多样性指数均显著高于健康奶牛；PCR-DGGE以及荧光定量PCR技术均检测出健康奶牛阴道内优势菌有清酒乳杆菌（Lactobacillus sakei subsp.）、魏斯氏杆菌（Weissella koreensis sp.）和地衣芽孢杆菌（Bacillus licheniformis），而患病组奶牛阴道内此三种优势菌含量显著降低。从健康和患病奶牛阴道内均分离出脆弱拟杆菌（Bacteroides fragilis）、溃疡拟杆菌（Bacteroides helcogenes）、无乳支原体（Mycoplasma agalactiae）、普氏菌（Prevotella dentalis）、产气荚膜梭菌梭菌（Clostridium perfringens str.）和肠球菌（Enterococcus hirae）等常见病原微生物。运用DGGE方法鉴定出的患病奶牛阴道内的特定病原菌大肠杆菌（Escherichia coli str.K-12substr.）、梭杆菌（Fusobacterium nucleatum subsp.），在进行荧光定量PCR鉴定时，同样在健康奶牛阴道内以较低的拷贝出存在，说明本实验未鉴定出奶牛子宫内膜炎的特定病原菌。患病组奶牛阴道样品中大肠杆菌含量显著高于健康组奶牛阴道内大肠杆菌含量（P＜0.05），同样，在患病组奶牛阴道内各种属细菌中，大肠杆菌含量最高，提示大肠杆菌是子宫内膜炎奶牛发病过程中主要的致病性细菌。研究结果提示，子宫内膜炎奶牛阴道内菌群结构比健康奶牛更为复杂，且无特定病原菌，阴道内病原微生物的大量整张以及阴道菌群结构失衡可能是奶牛发生子宫内膜炎的原因。