农民专业合作社是农业资源、农民群体和农村社会关系的集合体，是涉农经济关系、政治关系、社会关系的交织点，自然的充当了很多“三农”问题的投影。因此，农民专业合作社法律制度的完善在解决三农问题的制度体系中起着举足轻重的作用。“抓紧研究修订农民专业合作社法”被明确写入2013年中央一号文件。农民专业合作社的法律问题表现为“外部法律环境”与“内部治理”两个方面，现行《中华人民共和国农民专业合作社法》(以下简称《农民专业合作社法》)着力于农民专业合作社基本制度与“内部治理”问题。基于上述考虑，本文展开“农民专业合作社法人内部治理问题”研究。研究目的在于，在法人内部治理方面为农民专业合作社法的修订提出一套法律建议体系。首先，进行问题分析。受法律经济学研究方法论影响，为求对研究主题全面、客观认识，本文规范性研究方法与实证性研究方法“双轨并行”，但研究进路上遵循“问题提出”、“理论困惑”自省进而通过“实证研究”实现理论联系实际的顺序。研究发现，现阶段中国农民专业合作社法人治理存在如下问题：理论研究得出的指导性结论借鉴其他经济领域的法律制度理念较多，有利有弊。专业合作社法人治理结构运行存在执行者“内部人控制”，决策者和监督者失位、缺位，民主管理原则失灵，农民成员权益保障难，行政干预不合理等问题。接下来，提出法律建议。由于问题的复杂性，零散的法律建议效率不高，所以笔者试图建立体系性的法律建议体系。从产权制度方面入手，建议完善以土地流转制度为代表的农村经济资源“盘活”制度，并实现成员财产权利的科学量化与管理，创新专业合作社产权结构形式，为农民专业合作社的发展与有效治理奠定物质基础。其次是控制权方面，“以人为本”，完善“核心成员”激励机制，增强普通成员民主管理意识与能力，积极利用职业经理人资源，建立面向市场、符合经济规律的法人治理机制。最后是利益分配制度方面，尊重中国农民在专业合作社利益分配机制上的创新，增加新法的包容性，争取实现三大方面法律制度的有机结合。本文试图在笔者的学力范围内，借助法律经济学的方法论指导，在主要运用法学理论对研究主题进行分析的同时向一些简单的经济学理论求助，实现对问题的多角度琢磨。此为本文力求创新之处。但由于对经济学理论的驾驭能力有限，许多分析比较简单、肤浅，无法利用高级的数学模型与大量的调查数据成为本文的一大遗憾。