伴随着市场经济的持续发展，我国的卫生服务市场日益成为一个竞争激烈的市场。作为军队医院，不仅同地方医院一样，承担救死扶伤的重任，还要为广大官兵提供医疗保障，因此，军队医院所面临的竞争压力更大、任务更重。要想提高军队医院的综合实力，就不能忽视科研的力量。近年来，该院非常重视科研工作，在实践中探索出一套选择式目标管理理论，并应用于科研工作管理中，取得了非常显著的成果。选择式目标管理来源于目标管理却不同于传统的目标管理，它根据组织的总体目标和现阶段发展需求，由决策者选择性地确定出一些本阶段最紧急、最需要的目标任务，再分解到各阶层、各部门，进而分解到每个人，使整个目标体系越分越多、越分越细，形成整个组织上下层层有目标、处处有目标、人人有目标的网络体系。本文先具体阐述了选择式目标管理的理论，其次利用SWOT分析法分析了该院科研管理工作的优势和劣势以及面临的机遇和威胁，详细介绍选择式目标管理在该院科研工作的应用以及工作方法，并对比近几年的科研工作成绩。最后发放调查问卷，调查科研人员对选择式目标管理的认知程度和满意度，根据现状和总目标，采取针对性措施不断改进和完善工作方法。研究结果表明，选择式目标管理无论是在基本理论还是在工作方法上都是正确的，在科研管理工作上起到积极促进作用，值得在大范围内推广。