随着我国创新型国家建设步伐的加快，科技经费配置总量也将大规模提升，如何使用和配置这些经费保证我国科技创新绩效的最大化是摆在我们面前的一个重要课题。文章以此为切入点进行了相关的研究，具体如下：（1）在对现有相关文献梳理后发现：“科技经费配置结构与市场创新绩效的关系”研究结论并不统一，为此文章在第三章运用扎根理论、数学建模和实证检验相结合的方法研究了该问题，认为不仅科技经费配置总量影响创新绩效，科技经费配置结构对市场创新绩效影响可能更大；（2）运用格兰杰检验（Granger Causality test）分析了科技经费配置各指标对市场创新绩效产出各指标的因果关系，在此基础上运用灰关联分析法测定其对市场创新绩效影响的重要程度，结合现有文献确定了文章的评价指标体系；（3）运用交叉谱研究了我国高技术产业科技经费投入产出的时滞周期，认为我国科技经费投入对市场创新绩效影响普遍分为短、中、长三个周期阶段；从影响程度看，我国高科技产业科技经费配置对市场创新产出的时滞影响周期出现很强的一致性，5大高技术产业对“新产品销售收入”影响滞后期为5年，对“专利产出”影响周期基本都在10年后。（4）在考虑时滞周期的基础上，引入并改进NWR-DEA方法对“医疗设备及仪器仪表制造业”以及“医药制造业”两大产业现行科技经费配置结构下的市场创新绩效进行测度分析，结果发现：“医疗设备及仪器仪表制造业”市场创新绩效具有明显优势的省份有：北京、辽宁、上海、浙江、安徽、江西、河南、湖南、广东、广西和陕西省；其余省份相对而言在医药制造业方面更具优势。（5）进一步分析可知，中国医疗设备及仪器仪表制造产业投入要素的相对重要性程度表现为“技术改进经费>R&D经费内部支出>R&D人员数量>新产品开发经费”；医药制造业的投入要素的相对重要性程度表现为“技术改进经费>新产品开发经费>R&D经费内部支出>R&D人员数量”。（6）运用改进NWR-DEA方法对“医疗设备及仪器仪表制造产业”和“医药制造产业”的综合市场绩效网络参考分析发现：绩效最好、最具推广价值的省份不是经济最发达、科技投入最高的江苏、北京、上海、广东、山东等省份，而是云南、河北、黑龙江等经济不发达省份，表明：科技投入总量多，但市场创新绩效不一定高；在市场创新绩效提升方面，科技经费配置结构优化远比科技经费投入总量重要的多。（7）综合以上分析，文章在改进宋氏优化法的基础上构建了科技经费配置结构优化模型，并依次给出了医疗设备及仪器仪表制造业和医药制造业两产业之间、两产业内部不同省域间以及各省内部三种科技经费之间的优化配置方案，FRIEDMAN-ANOVA检验和利用MAXDEA6.4软件进行的优化前后各省域市场创新绩效测度结果都表明该论文所提优化方案效果良好。该论文有图63幅，表109个，参考文献242篇。