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紫花苜蓿(Medicago sativa L.)是世界上最重要的豆科牧草,它产量高、适口性好,蛋白质含量高,具有极大的生产利用潜力和研究价值。新疆是我国苜蓿种类分布较多的地区,对新疆紫花苜蓿种质资源进行研究,不仅能挖掘我国紫花苜蓿种质资源更为丰富的遗传变异,从中筛选优异紫花苜蓿种质材料,为我国紫花苜蓿新品种选育奠定重要研究基础,还能指导我国新疆紫花苜蓿种质资源的遗传多样性保护,保证资源的永续利用。本文采用表型、抗逆性和DNA分子水平相结合的技术手段,通过对来自中国新疆的20份紫花苜蓿种质资源主要形态学特征、主要农艺性状、抗寒性(秋眠性、越冬率)、主要营养成分、耐盐性、抗旱性、以及ISSR、RAPD、SSR 3种DNA分子标记的鉴定研究,获得以下研究结果:1.来自中国新疆南、北疆地区的苜蓿种质资源,秋眠性差异较大,来自北疆地区的苜蓿种质资源均被鉴定为秋眠类型种质,大部分种质的秋眠性为1级(3级的只有1份种质),未发现半秋眠类型的种质;但来自南疆的苜蓿材料中,既有秋眠类型种质(1级为主,也有2级和3级的种质),又有半秋眠类型种质(4级和5级种质)。2.新疆紫花苜蓿种质资源形态特征在不同居群之间变异较大。其中,叶面积变异幅度较大,变化范围在0.83-3.10 cm2,种质ChangJi叶面积最大。自然高度的变异位居第二,变异范围在36.20-110.3cm。主要农艺性状指标中,种子产量变异最大,来自阿尔泰的种质AerTai2种子产量最高,达2221.11kg/hm2。种质KuerL总干草产量最高,达38459.22kg/hm2。种质HaBHe的越冬率最高,达98.53%。种质HaBHe、ChangJi、TaChen、XinY2、FuHai、KuerL、HeT、MinF1 植株高大、草产量和种子产量高、刈割后再生快,越冬率高,综合农艺性状好、生产性能优良,可在苜蓿育种或生产中优先利用。3.综合各种质一茬草的粗蛋白、氨基酸和粗纤维含量来看,来自哈巴河的种质HaBHe,同时具有粗蛋白(21.28%)和氨基酸(17.15%)含量高、粗纤维(26.32%)含量低的优良特性,可在苜蓿品质育种中优先利用。4.在PEG或盐胁迫浓度与相对发芽率的回归分析中,三次多项式模型的模拟结果更接近真实情况。20份新疆紫花苜蓿种质之间耐盐性、抗旱性差异显著,其氯化钠盐胁迫半致死浓度变异范围在0.129%-1.114%之间;PEG胁迫半致死浓度变异范围在4.751bar-13.704bar之间。种质AerTai1抗旱性最强,种质KuerL耐盐性最强。5.SSR、RAPD、ISSR 3种DNA分子标记鉴定结果均表明,来自新疆的紫花苜猜种质资源,具有丰富的遗传多样性,种群间发生了较高的遗传分化。但是,不同分子标记技术鉴定出的遗传多样性大小排序不同,而且3种DNA分子标记揭示出的种质资源之间的亲缘关系相关性不显著。6.综合比较分析形态特征、农艺性状、营养价值、抗寒性、抗旱性、耐盐性以及遗传多样性研究结果,筛选出优异种质HaBHe。该种质植株较高,草产量和种子产量高、刈割后再生速度快,越冬率高,生产性能优良。其粗蛋白和氨基酸含量高,粗纤维含量低,种子萌发期抗旱、耐盐性强,在SSR和ISSR两种分子标记水平上鉴定出的遗传多样性在供试材料中居中等水平,该种质材料在RAPD分子标记水平上表现出的遗传多样性低,反映出其综合性状的整齐一致性,是一份育种和生产利用价值较高的优异紫花苜蓿种质材料,可作为杂交亲本或直接进行紫花苜蓿新品种培育利用。