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茶树杂交育种是我国当前茶树育种的主要途径。目前我国茶树杂交亲本的选择仍以形态、生理生化指标为主要依据,这些指标以基因表达的结果为基础,受环境、树龄、季节变化的影响极大,且形态、生理生化指标差异大的种质在基因组上差异并不一定大,从而造成了茶树杂交育种盲目性大、针对性差,效率低下。本研究采用AFLP技术对43个适制绿茶茶树品种和45个适制红茶茶树品种进行遗传多样性、亲缘关系及与茶类适制性相关的分子标记等方面进行了研究,旨在为茶树育种中优质杂交亲本的选择和早期茶类适制性鉴定提供理论依据。本研究获得的主要结论如下:1.本研究采用5对扩增条带多、分辨率强的引物组合E41M42,E41M47,E41M55,E37M32和E37M47对43个适制绿茶茶树品种和45个适制红茶茶树品种进行了遗传多样性分析,获得了清晰可见的DNA指纹图谱,扩增片段大小在50～700bp之间。5对引物对适制绿茶茶树品种共扩增出382条带,平均每对引物扩增76.4条带,多太性条带342条,平均每对引物扩增出68.4条,平均多态性频率为89.53%,说明我国适制绿茶茶树品种间存在丰富的遗传多样性;5对引物对45个适制红茶茶树品种共扩增出486条带,平均每对引物扩增出97.2条,多态性条带共429条,平均85.8条多态性条带,平均多态性频率88.27%。2.采用DPS9.5分别对适制绿茶茶树品种和适制红茶茶树品种进行了遗传距离分析,43个适制绿茶树供试材料之间的遗传距离变异范围在0.19～0.49之间,平均为0.34,白毫早与东湖早之间遗传距离最近,为0.19,君山绿茶与薮北、栊绿、余杭福云,君山银针1号与栊绿、黑叶水仙、鄂茶1号,晚来春与栊绿,黑叶水仙与春波绿,它们之间的遗传距离最大,为0.49;45个适制红茶品种之间的遗传距离变异在0.15～0.49之间,平均为0.33,其中安86与涟茶4号之间的遗传距离最小,为0.15,遗传距离最大的是福云6号与四川大树茶,为0.49。3.采用DPS9.5数据处理软件,应用UPGMA法,分别对适制绿茶茶树品种和适制红茶茶树品种进行了聚类分析,获得了聚类树状图。当以平均距离0.34划分时,43个适制绿茶茶树品种可分为6个类群;45个适制红茶茶树品种在平均遗传距离0.33时可划分为5个类群,其中类群Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ均只有一个品种,分别是9809、四川大树茶和福云6号,类群Ⅳ由黔湄419和云抗43组成,其余40个品种属于类群Ⅵ。4.通过品种间遗传距离的分析,从43个适制绿茶茶树品种中得到了15个适制绿茶品种杂交亲本组合,与此同时,在45个适制红茶树品种中得到了3个适制红茶茶树品种杂交亲本组合。5.通过观察5对引物对适制绿茶茶树品种和适制红茶茶树品种的遗传图谱发现,引物组合E37M47对适制绿茶茶树品种和适制红茶茶树品种的扩增谱带在420bp处有一特异性的谱带,适制绿茶的绝大多数茶树品种在该位点没有谱带或谱带颜色较浅,而适制红茶茶树品种基本都有带。因此,该位点有可能成为与茶类适制性相关的特殊位点,为茶树育种早期茶类适制性鉴定提供理论依据。