杂交育种在大黄鱼苗种繁育中具有重要的地位，现阶段生产上主要的苗种大都来自于不同群体的优良个体的杂交繁育。具有优良性状的亲本群体的选择是杂交育种的重中之重，同时不同的杂交方式对育种的效果也有一定影响。因此本研究使用共显性标记SSR（11对引物）与显性标记AFLP（10对引物）研究了岱衢洋野生大黄鱼选育群(DQ)与官井洋大黄鱼选育群(MY)的遗传背景差异。同时研究了不同的杂交方式（正交和反交）繁育的后代间以及与其亲代的遗传差异。为大黄鱼优良品种的筛选培育，分子标记辅助选择育种提供参考。　　 SSR的结果显示，亲代中岱衢洋野生大黄鱼选育群(DQ)多态性（Shannons多样性指数）稍高于官井洋大黄鱼选育群(MY)，分别为2.14、2.04; F1代中反交群高于正交群分别为2.13、2.03; F1杂交群体中为2.24与其亲代群的相似(2.22)。亲代群间基因分化系数值为0.020，低于杂交后代的0.026。AMOVA显示，亲代群和后代群基因差异均很低，且亲代群基因分化度低于和杂交后代群，Fst值分别为0.011、0.032。Nei遗传距离显示子代间遗传距离大于亲代间的遗传距离分别为0.39、0.22。UPGMA聚类将其分为3组，其中DQ群与MY群遗传距离最近。AFLP的结果与SSR结果基本一致。可以认为本研究中选育DQ群与MY群大黄鱼间遗传背景差异较低，其中DQ群遗传背景较好，杂交提高了后代群的基因多样性。　　 本研究的另外一部分从大黄鱼的外形，耳石的形态以及耳石的稳定同位素13C、18O的组成差异等方面展开研究，通过比较研究不同出生地大黄鱼的耳石差异，以期发现区分不同来源大黄鱼的方法，同时为野生大黄鱼的鉴定提供一种新的思路。结果显示本研究野外捕捉到的大黄鱼耳石核心中13C组成接近海洋表面而明显高于养殖鱼的，据此推测该大黄鱼出生地不太可能是人工育苗场，其出生地很可能为自然海域且受陆地有机输出影响较小。基于以上推测本研究野外捕捉到的大黄鱼不是网箱逃逸者，也不是人工放流鱼，应该为野外出生的野生大黄鱼。δ13C在前两年的夏轮中相近且明显低于后来的夏轮，而在冬轮中差别不明显，据此推测该野生大黄鱼可能有固定的越冬场所，而繁殖，生长期的栖息环境相对不固定，根据其分布特征推测其很可能存在两个夏季栖息地。养殖大黄鱼和野生大黄鱼在部分形态性状上存在着明显差异，本研究的野生大黄鱼更接近于文献记载的早期野生大黄鱼。野生大黄鱼耳石的外侧面的突起较养殖的光滑，养殖鱼耳石的外侧面的小突起与沟槽更尖锐，其数量也较野生的多，差异明显。根据以上结果推断当前浙江岱衢洋海域存在野生大黄鱼。应该继续采取措施保护好该野生资源，为大黄鱼的遗传改良提供优良的素材。