妥布霉素特异性单链DNA适配体的筛选及其序列优化和应用研究

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妥布霉素属于氨基糖苷类抗生素,对多种革兰氏阴性菌都具有一定的抗性作用。妥布霉素的滥用会导致其在动物制品中存在一定的遗留,该遗留通过食物链进入到人体会对人类的身体健康产生一定的损害,所以,设计高效、快速、简便的检测妥布霉素的方法对食品中妥布霉素的检测很有必要。本实验中使用基于磁珠法的SELEX技术从总长为79个碱基序列,中间包括35个随机碱基的初始文库出发,经过十轮的筛选,妥布霉素与筛选富集序列之间的亲和力达到最大,将最后一轮的筛选产物进行PCR扩增后,进行连接、转化后挑取37个阳性克隆子进行测序,得到了37条序列不同妥布霉素适配体。使用DNAMAN软件对获得的适配体序列进行同源性分析,将其分为九个家族。利用Mfold软件分析这些适配体的二级结构发现编号为1号、11号、12号、32号的这四条适配体序列的二级结构具有高度的相似性。利用荧光法测定了这四个适配体和妥布霉素结合的解离常数(Kd)值,分别为149.00 nmol·L-1、96.27 nmol·L-1、101.40 nmol·L-1和52.32 nmol·L-1,因此32号适配体与靶标结合的亲和力最大。对这个适配体的特异性进行了验证,结果表明,32号适配体与其他抗生素的结合能力很弱,特异性良好。采用Autodock 4.0软件对该适配体与妥布霉素进行分子对接模拟,结果显示适配体与妥布霉素相互结合时,主要作用位点是14-18,26-29位碱基。进一步对32号适配体的结构序列进行截短优化,通过两次截短后获得的适配体32-1和32-2序列长度分别是49 nt和34 nt,Kd值分别为48.27 nmol·L-1和58.92 nmol·L-1。由于32-2号适配体的序列更短,且Kd值与截短前相比相差不大,故32-2号适配体为本课题中的最优适配体序列。使用最优的32-2号适配体序列并结合金纳米(AuNPs)比色法设计了一种检测妥布霉素的方法。对检测条件进行了优化,得出最优NaCl的浓度为120 mmol·L-1,最优适配体浓度为150 nmol·L-1。利用该方法对妥布霉素标准品进行了检测,当妥布霉素溶液的浓度在200-1200 nmol·L-1范围内时,AuNPs溶液在520 nm处的吸光值伴随妥布霉素溶液浓度的增大而逐渐减小,呈现良好的线性关系。对方法的特异性进行了验证,该方法检测妥布霉素表现出很好的特异性。将该方法应用到真实样品蜂蜜中妥布霉素的检测,结果AuNPs溶液的颜色变化、其在520 nm的吸收峰值的变化以及线性关系均与妥布霉素中的变化趋势相一样,说明经过10倍稀释的蜂蜜样品基质对检测结果几乎没有影响,从而表明这种检测方法能够很好地应用到实际物质中进行检测。
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