工程项目具有整体性、程序性、一次性、约束性、不可预见性等特点,建设过程中资金投入量大,技术相对复杂,参与方众多,当前普遍存在着投资失控、管理低效等现象,工程建设领域腐败现象频发。工程审计是现行工程项目管理方面一种有效监督方式,通过对决策和执行的整体监督,能够真正从促进工程项目或者相关行业长远发展的角度进行客观公正的评判,揭示工程项目建设管理中存在的问题并督促整改,体现出审计的“免疫系统”功能,在工程建设管理中发挥着越来越重要的作用。2010年,为应对国际物流行业的竞争,加快国有物流企业、民族产业的发展壮大,P物流公司实行专业化经营。截止2015年,已陆续投资近百亿元,陆续建设了大型航空、陆路运输处理中心、物流仓储场地并在全国设立了大量前端营投网点,以适应快速发展的物流市场和企业改革发展需求。当前,P物流公司仍处于工程建设发展期。本文通过理论联系实际的方法,结合多年从事工程审计实践经验,主要分析了P物流公司在面对大规模工程建设投资的情况下,针对企业当前工程管理和工程审计相对薄弱、工程审计专业人员缺乏的现状,通过有效加强工程项目的审计控制的角度,结合审计流程和方法,对本企业当前开展的工程竣工结算、决算审计和全过程跟踪审计所面临的问题,以及委托中介审计机构开展工程竣工结算审计、全过程跟踪审计应对的审计风险等内容提出了设计方案,以促进企业有效实现内部审计职能,推进内部审计的转型与发展,加快促进企业内部审计模式步入程序科学合理、制度完善健全的发展轨道。