基于可变剪切事件的卵巢癌预后模型及LUC7L3在卵巢癌中的功能研究

来源 :山东大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wynfloodforce
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
第一部分基于11-AS事件卵巢癌预后模型的建立及其与免疫微环境的关系目的:可变剪切(Alternative Splicing,AS)事件在肿瘤的发展过程中扮演了重要角色,并且与肿瘤的免疫微环境有很大关系。目前,AS事件在卵巢癌(Ovariancancer,OC)中的作用尚有待进一步探讨。本研究旨在探究AS事件在OC患者预后中的价值及其与免疫微环境的关系。方法:544名OC患者的基因表达数据、转录组测序数据和临床数据下载于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库。病人各种AS事件的剪切百分比(PSI)是由TCGASplice Seq数据库获得的,并与基因表达资料和临床资料进行匹配。采用单因素多因素COX回归方法,对与患者存活有关的AS事件进行了分析,并建立了预测模型。通过预测模型,对两组病人的免疫细胞进行比较,并比较两组病人对CTLA-4和PD-1抑制剂的反应。另外,利用Spearman试验筛选与AS事件表达相关的剪切因子(Splicing Factor,SF),利用生物信息学工具建立SF-AS事件的调控网络。最后,利用基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路对筛选出的SF基因进行了功能富集分析。结果:我们筛选出1472个与OC生存相关的AS事件,其中外显子跳跃(ES)是最主要的类型(46.94%)。通过Lasso回归和多因素回归筛选出的11种AS事件是OC良好预后预测指标,并构建了基于此11种AS事件的预后模型。OC患者基于预后模型所计算的风险评分,分为高风险组和低风险组,每组192例患者,中位风险评分为0.9137。K-M生存分析显示,此模型在区分OC患者预后方面具有重要的价值(P=9.485e-03),并且通过绘制ROC曲线计算曲线下面积(AUC),结果显示11-AS事件的AUC为0.733。单因素、多因素Cox回归分析表明,无论是年龄还是危险分数均能作为预测卵巢癌生存的独立指标。在研究高低风险组免疫细胞的表达时发现,低风险组患者中有10种免疫细胞表达上调,且活化的B细胞(activated B cell)、自然杀伤T细胞(natural killer T cell)、调节性 T 细胞(regulatory T cell)和自然杀伤细胞(natural killer cell)与 OC 的生存有关,并且低风险组患者对CTLA-4和PD-1阻滞剂治疗反应高于高风险组。此外,SF-AS相关网络还揭示了几个中枢SF基因,包括DDX39B、PNN、LUC7L3、ZC3H4、SRSF11等。GO分析表明,“通过剪切体的mRNA剪切”、“RNA剪切的调节”、“mRNA加工”、“RNA加工”和“通过剪切体的选择性mRNA剪切的调节”是五种最重要的生物学过程;“核质”、“膜”、“催化第二步剪切体”和“核斑点”是最重要的四个细胞成分;此外,“聚(A)RNA结合”、“核苷酸结合”和“ATP结合”是最重要的三个分子功能。KEGG分析揭示了四条显著富集的途径,包括“剪切体”、“RNA转运”、“mRNA监控途径”和“RNA降解”。结论:本研究构建了一个基于11种AS事件的预后模型,对于患者预后具有较高的预测价值;建立了 SF-AS调控网络,并且分析了预后模型与免疫微环境的关系,为探究OC发生和发展的潜在机制和潜在的治疗靶点提供了新思路。第二部分LUC7L3在卵巢癌中的功能研究目的:研究表明LUC7信使前体剪切因子3(LUC7L3)在多种肿瘤和疾病中发挥重要作用,然而,其在OC中的具体作用机制尚不清楚。LUC7L3是在OC中建立SF-AS调控网络后发现的关键SF基因之一,本研究旨在探讨LUC7L3基因表达异常对OC细胞生物学功能的影响。方法:RT-qPCR和Western blot方法用于验证OC细胞与正常卵巢上皮细胞株之间LUC7L3 mRNA水平和蛋白表达水平的差异。选择SKOV3和OV8细胞作为进一步的研究对象,通过慢病毒LUC7L3 shRNA转染卵巢癌SKOV3和OV8细胞株来敲低LUC7L3,实验分为三组:对照组(Ctl),转染慢病毒LUC7L3 shRNA1组,转染慢病毒LUC7L3 shRNA2组。RT-qPCR、Western blot方法验证LUC7L3 shRNA的敲低效率。然后通过MTT、平板克隆实验观察LUC7L3在OC细胞增殖中的作用,利用划痕实验、Transwell实验分析对OC细胞迁移功能的影响;并通过动物体内实验验证LUC7L3对小鼠肿瘤生长的影响。结果:RT-qPCR和Western blot实验结果显示,与正常卵巢上皮细胞株(IOSE)相比,LUC7L3 在 OC 细胞(HEY、SKOV3、A2780、OV8)中高表达(P<0.05),其中 SKOV3和OV8细胞中LUC7L3的表达最高,因此挑选两种OC细胞SKOV3和OV8细胞作为进一步的研究对象。使用RT-qPCR和Western blot方法来验证转染LUC7L3 shRNA后细胞的LUC7L3表达水平,结果显示:与Ctl组相比,LUC7L3 shRNA1和LUC7L3 shRNA2组中LUC7L3显著下调(P<0.05),在SKOV3细胞中敲低效率分别为74%和73%,OV8细胞中敲低效率分别为79%和64%。细胞功能实验中MTT结果显示,与Ctl相比,LUC7L3 shRNA1和LUC7L3 shRNA2组细胞的增殖能力下降(P<0.05);平板克隆实验表明LUC7L3 shRNA1和LUC7L3 shRNA2组细胞的集落形成活性被抑制(P<0.05);细胞划痕实验结果显示,LUC7L3 shRNA1和LUC7L3 shRNA2组的相对迁移面积显著减少(P<0.05);Transwell实验结果显示OC细胞的迁移能力较Ctl组相比降低(P<0.05)。动物体内实验结果表示,与Ctl相比,LUC7L3 shRNA2组小鼠的肿瘤生长明显减缓;同时,下调LUC7L3也降低了肿瘤重量(P<0.05)。结论:细胞和动物体内外实验证实LUC7L3可促进卵巢癌细胞的增殖和迁移,LUC7L3在OC的发生发展中起到促癌基因作用,这为OC潜在分子机制的探究以及靶向治疗提供新的思路和数据支撑。
其他文献
供应链金融作为一种不同于以往传统借贷的创新融资方法,在迅速发展的同时也产生了新的问题。因为债权人的增加会产生新的、难以评估的信用风险点,从而使相关参与机构难以管理其信用服务,所以为供应链金融业务构建科学高效的信用风险管理体系尤为重要。在大数据不断发展的时代背景下,根据供应链金融业务的具体模式,构建相关业务的信用风险评估模型,评估其信用风险情况,以针对性把控信用风险,让供应链金融业务能更好的为中小企
学位
目的:通过对比分析气膀胱输尿管囊肿开窗术与钬激光输尿管囊肿开窗术的结果,探讨气膀胱输尿管囊肿开窗术的可行性,指导临床中治疗输尿管囊肿的手术方式选择。方法:统计2011年1月至2021年1月十年间山东大学齐鲁医院小儿外科收治的行输尿管囊肿手术患儿的临床资料。根据病例选择标准及排除标准,共筛选出符合标准的患儿共49例。首先根据手术方式,将采用气膀胱输尿管囊肿开窗术患儿定为A组(共28例),将采用钬激光
学位
目的本研究旨在初步探讨长链非编码RNA小核仁宿主基因1(Long non-coding RNA small nucleolar RNAhost gene 1,LncRNA SNHG1)在胰腺癌(Pancreatic cancer,PC)中的生物学功能以及作用机制,为胰腺癌的诊治提供新的方向。材料与方法通过MTT实验,EDU实验,划痕实验,Transwell实验、流式细胞术和Western blot
学位
2004年塞浦路斯、捷克、爱沙尼亚、匈牙利、立陶宛、拉脱维亚、马耳他、波兰、斯洛伐克和斯洛文尼亚十个国家加入欧盟。自加入欧盟以来,上述十国与欧盟其他成员国间贸易的迅猛增加和向出口导向型经济模式的转变使得这些国家的经济结构、技术水平和人口结构等都发生了巨大的转变。这种转变也使得欧盟新成员国的二氧化碳排放特征发生了巨大变化。2010年到2016年,这些欧盟新成员国的经济增长率是传统欧盟国家的二倍,但其
学位
背景:骨质疏松是一种年龄相关的慢性骨骼系统疾病,绝经后妇女和老年男性是其好发人群,其主要特征是骨密度(Bone Mineral Density,BMD)的下降,骨微观结构的破坏和脆性骨折的风险增加。骨质疏松症可分为原发性骨质疏松症、继发性骨质疏松症和特发性骨质疏松症,其中,原发性骨质疏松症可分为绝经后骨质疏松症(Ⅰ型)和老年性骨质疏松症(Ⅱ型)。骨代谢指标,又称骨转换标志物(Bone Turnov
学位
[目的](1)构建深度学习网络模型,在多模态MRT2WI及增强序列图像上实现对子宫内膜癌病灶的自动分割;(2)分别基于MRI影像组学和深度学习方法,建立术前预测FIGO Ⅰ~Ⅱ期子宫内膜癌分期及病理分级的预测模型,研究其诊断价值;(3)比较深度学习与影像组学模型的诊断效能。[资料与方法]回顾性收集山东大学齐鲁医院2017年3月到2021年11月经手术病理证实为Ⅰ~Ⅱ期子宫内膜癌的271例患者的临床
学位
目的观察年轻成人上气道的形态特征及上气道大小与颅面形态的相关关系。方法从山东大学口腔医院影像资料库中选取2017年9月至2021年2月于本院初次就诊且拍摄CBCT的18-20岁的患者共200例,男性和女性各100例。使用Dolphin 11.8软件分别测量研究定义的颅面形态三维指标及上气道大小和形态的指标。利用SPSS 25.0软件进行统计学分析,对颅面形态和上气道指标(容积、截面左右径、前后径、
学位
进入21世纪以来,现行国际海洋秩序在公平分配海洋利益,妥善解决海洋争端以及有序开展海洋实践上的能力逐步减弱,引发了全球海洋治理赤字。而且随着中国海洋事业蓬勃发展,美国秉持的海洋霸权秩序对中国海上兴起的包容度逐步降低;《联合国海洋法公约》的部分规则也使得中国在海洋资源和空间分配上遭到不公平对待。因此,为推动构建更为公正、合理、有序的国际海洋新秩序,中国应适时适势地提出自身的海洋秩序主张——海洋秩序观
学位
随着全球化的发展,国际交流日益频繁,口译在国际交流中的作用也越来越突出。对于每位译员来说,口译过程中最基础的一步就是对源语的理解。只有准确理解源语,才能准确传达译语。因此,为了保证口译质量,口译过程中的理解尤为重要。本口译实践报告是以2021年召开的“世界游戏论坛”为对象进行的韩中模拟同声传译。在本次模拟口译实践中,由于对源语的理解不足导致笔者在实践过程中多次出现停顿、误译以及漏译问题,使得整个翻
学位
背景及目的:随着当前社会经济的快速发展,人民生活水平日益提高,饮食及生活习惯的千变万化,心血管疾病(CVD)已经成为当今社会严重的公共卫生问题。而冠心病(CHD)作为常见的CVD之一,其病理基础是一系列因素导致的冠状动脉狭窄性病变,随着当前研究的进展,血小板与淋巴细胞比值(PLR)和甘油三酯与高密度脂蛋白胆固醇比值(THR)作为一种简单且容易获得的临床研究指标受到越来越多的人的关注,有望成为新的诊
学位