近十年来由于区域环境的破坏甚至全球环境的恶化，使得人们越来越关注环境问题。同时被誉为“新兴产业”和“朝阳产业”的环保产业，已逐渐成为全球经济新的增长点，环保产业企业也迅速发展起来。但是环保产业上市公司的发展也存在着一些问题。通过对环保产业上市公司现状的分析，发现其普遍存在着性质为国家或是民营的终极控制股东，且大多数终极控制股东持有的控制权与现金流量权存在着分离的情况，并通过金字塔结构达到对上市公司的控制。终极控制股东利用复杂的金字塔结构造成两权分离，直接影响着所控制的公司的资本结构选择，在一定程度上造成对中小股东的侵害。文章内容共分为五个部分：第一部分为引言，主要介绍了研究背景与意义，研究方法与思路以及国内外研究文献综述。第二部分为相关概念及理论基础，介绍了环保产业、终极控制权和资本结构的相关概念和理论，并为文章后几部分奠定分析的基础。第三部分为现状分析，分析了环保产业上市公司终极控制权和资本结构的现状。第四部分从理论上分析终极控制权各因素对资本结构的影响，包括终极控制权比例、现金流量权比例、两权分离度、控制链层级、控制链条数和终极控制股东性质七个方面，并相应提出理论假设，为后面实证分析奠定基础。第五部分为实证分析，这一部分对第四部分所提出的假设分别进行了检验，包括模型假设的提出和变量定义、模型的建立、样本选取与数据来源，最后采用线性回归等统计方法对沪深两市环保产业上市公司2009-2011年数据进行了检验。实证结论如下：（1）终极控制权比例、现金流量权比例对资本结构的影响不显著，但是终极控制权与现金流量权的两权分离度与资本结构显著正相关。（2）控制链层级和金字塔结构复杂度与资本结构显著正相关，而控制链条数与资本结构不显著相关。（3）终极控制股东性质与资本结构负相关但不显著。第六部分提出优化资本结构的对策。这一部分是在上文理论与实证分析的基础上选取终极控制权的角度，从国家法律制度的构建、环保产业上市公司外部公司治理和内部公司治理三个大的方面来提出优化资本结构的对策，以促进环保产业上市公司其公司治理的完善并在一定程度上保护中小股东的权益。第七部分为结论。总结全文。