生态补偿作为一项重要的利益协调手段，既可以促进生态环境的保护和改善，又可以促进经济社会的公平发展。在中央各部委的带领下，我国实施了一系列由政府主导的重点生态建设工程，其中，涉及采用生态补偿的手段对项目区内的各级政府和民众给予一定的资金、物质和技术补偿。本研究基于区域差异性，以地理信息系统为平台，根据可持续发展的框架，系统化分析了2000年到2016年间生态建设工程在内蒙古地区的实施情况，通过人均补贴占比情况的分析得知在当前补偿标准下人均接受的补贴与纯收入相比相差较大，并运用AHP-PCA综合评价当前生态建设工程中的生态补偿可持续性。结果显示，在经济、社会和环境三大子系统的共同运作下内蒙古生态补偿具有较强的可持续发展能力，17年间均处于基本可持续发展及以上状态，呈现良好发展态势。进一步构建协调度评价模型对系统间协调性进行深入分析，结果显示，经济-社会、社会-环境和经济-环境之间的协调状态均处于中级协调状态以上，生态补偿整体协调性则呈现中级协调—良好协调—优质协调—良好协调—中级协调的发展历程，最后，根据前文所做的分析，提出了当前内蒙古生态补偿所存在的问题，并且根据现状提出了建议，以便为后续的研究提供参考。