卵巢癌易感性相关基因的挖掘及Meta分析

来源 :昆明医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:plant720
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[背景]女性生殖器官三大恶性肿瘤囊括了卵巢癌、子宫颈癌、子宫内膜癌。其中,卵巢癌病死率最高,发病隐匿,是威胁妇女健康的主要问题之一。卵巢癌是遗传因素相关疾病,遗传因素决定了肿瘤的易感性,因此,积极寻找卵巢癌易感性相关因素,加强高危人群的监测,对于疾病的早期发现、早期诊断率的提升、改善癌症患者的生存与预后至关重要。生物信息学是数学、统计学、计算机信息学相互交叉的一门学科,基于生物信息学建立的公共数据库与日俱增,对公共数据库的挖掘利用并结合肿瘤基因组学的Meta分析的研究方法为卵巢癌的易感性因素研究提供了较大的便利,我们可以针对卵巢癌恶性肿瘤的早期鉴别、病因诊断、病情演变、治疗、预后改善等方面着手研究,提供疾病诊治过程中的新方向与依据。[目的]基于生物信息的公共数据库挖掘、分析,筛选卵巢癌易感性相关的基因,寻找目的基因位点,应用Meta分析验证目的基因位点与卵巢癌易感性关系,探讨目标基因与卵巢癌预后的相关性。[方法]通过挖掘“在线人类孟德尔遗传数据库(Online human Mendelian genetic database,OMIM)”(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/),找出卵巢癌发病相关基因染色体位置,根据其出现的频率进一步筛选与卵巢癌易感性相关的集中位置区域,针对该段染色体区域中包含的基因位点逐一探索,从中选取我们感兴趣的目的基因位点。随后,根据《数量遗传学》的特点,建立了靶基因位点的4个遗传效应模型:等位基因模型,显性模型,隐性模型,加性模型。计算机搜索Pubmed,CNKI,万方,VIP,Cochrane图书馆数据库,搜索目标基因位点表达(包括基因分型)和卵巢癌相关的文献,两位研究人员独立筛选文献。在提取原始数据并分别评估纳入研究中的偏倚风险后,使用RevMan 5.3软件进行Meta分析。结合KM-plotter数据库绘制生存曲线,以远期生存率为参照指标,对靶基因与卵巢癌的预后进一步研究。[结果]1.通过对“在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)”挖掘、定位卵巢癌的染色体易感区域,发现卵巢癌相关基因位置336个。2.进一步筛选与卵巢癌易感性相关的位置区域,发现5号染色体长臂1区3带-3区3带中各项基因位点出现的频率较高,其位置集中于5q13.2-5q33.3这一狭小区域内。3.根据基因位置定位5q33.3,MiR146a基因SNP位点rs2910164位于该位置。查阅文献,目前对多种肿瘤的研究证实了 MiR146a与肿瘤的发生发展密切相关,国内、外有文献报道该SNP位点与卵巢癌的易感性有关,但其结论不一致。4.通过Meta分析卵巢癌4种遗传效应模型的OR、95%CI值,等位模型:O R=0.54,95%CI=0.36-0.80,P=0.002;显性模型:OR=0.38,95%CI=0.16-0.91,P=0.03;隐性模型:OR=0.57,95%CI=0.45-0.72,P<0.00001;加性模型:OR=0.31,95%CI=0.14-0.66,P=0.003。结果表明了 miR146a rs2910164 SNP 的多态性与卵巢癌的发生风险相关联,并且差异在统计学上是显著的(P<0.05)。其中,携带CC基因型的个体的风险比携带GC、GG基因型(P<0.05)的个体的罹患率显著降低。5.KM-plotter数据库分析MiR146a水平与卵巢癌患者预后关系,发现卵巢癌患者中MiR146a高表达组生存率优于低表达组(P<0.05)。[结论]1.通过数据库信息挖掘,与荟萃分析相结合,发现了 miR146a SNP位点的rs2910164多态性与卵巢癌的发生风险降低相关。行生存分析提示,在卵巢癌患者中,miR146a高表达组的预后是更好的。进一步表明其可能在卵巢癌的发生、发展、甚至远期生存率中可能发挥重要的作用。提示临床上通过检测MiR146a SNP位点rs2910164多态性可能可识别易感人群,其表达水平的检测可以提供早期诊断和预后的依据。2.通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)挖掘,结合Meta分析可发现肿瘤易感基因的SNP位点,为后续研究提供线索和方向,为作为发现、研究肿瘤易感性基因的一条途径。
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