基因芯片分析能在基因组水平上检测基因表达谱。基因芯片分析产生的大规模数据对了解植物分子生理机制提供了帮助。目前技术最为可靠，应用最为广泛的芯片平台是水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片。我们已经开发了RiceDB一个基于Web界面的在生物学背景下注释水稻基因芯片的整合数据库，它的注释信息比同类针对水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片的注释数据库更全面，更快捷，且可以自动更新。它由八个功能模块组成，RiceMap建立水稻Affymetrix57K探针组与基因的对应关系，从而提供来自各个水稻生物信息学数据库功能描述信息；RiceGO整合Gene Ontology数据库从分子功能，生物学途径和分子功能三个方向上来对Affymetrix 57K探针组进行注释；RiceKO确定Affymetrix 57K探针组代表的基因可能参与的代谢路径与调控；RiceUP、RiceDO、RiceMR、RiceCD、RiceGF分别确定Affymetrix 57K探针组代表的基因上游小于1Kb启动子序列，结构功能域组成，受哪些水稻MicroRNA调控，染色体定位，基因家族分类。为了介绍该数据库的用途，我们利用RiceMap、RiceGO、RiceKO对水稻Fe³⁺吸收缺陷型突变体Affymetrix 57K芯片实验生成的差异表达探针组进行功能注释，快速自动地确定了这些差异表达探针组参与铁代谢调控路径，发现跟手工注释基本一致，大大缩短芯片数据生物学分析的时间。