近年来人口红利、资本收益降低,对经济增长的促进作用越来越少,要实现经济的高速可持续增长,提高全要素生产率势在必行,广大经济学者和政策制定者大都认为提高研发投入活动可促进全要素生产率提升,但我国当前正面临研发投入激增而全要素生产率增速放缓的局面,如何分配研发投入资源、调整研发投入结构对全要素生产率的提升起到更关键性的作用。首先,阐述了论文的研究背景、意义和国内外研究现状,介绍了研究内容与研究方法,在此基础上阐述论文涉及的相关概念、理论基础,分析界定本文所涉及到的基础知识;其次,分析研发投入及其结构的发展现状、现存问题及对全要素生产率的影响机制,并根据相关数据总结国外研发投入的经验,探究研发投入结构对全要素生产率理论上的差异性;再次,基于1999-2018年全国GDP、固定资产存量、劳动力人数、研发投入等数据,进行描述性分析初步验证理论推理,运用Malmquist-DEA测算分解全要素生产率,根据经济增长理论构建计量回归模型,对基础研究、应用研究和试验发展经费与全要素生产率的分解变量分别进行三次回归,对回归模型进行系统分析进一步验证假设。最后,根据研发投入结构对全要素生产率分解指标产生的不同作用,结合国外经验借鉴,针对高校、研究机构、政府、企业等投入主体分别对研发投入结构的基础研究、应用研究、试验与发展研究提出相应对策建议,以促进经济高效稳健发展。