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本文选取收集在中国海洋大学藻种库中绿藻门的三个属(杜氏藻属、四爿藻属、小球藻属)、金藻门的两个属(等鞭藻属、巴夫藻属)、硅藻门的三个属(菱形藻属、褐指藻属、角刺藻属)的一些未明确其确切种类的饵料微藻,扩增并测定其核糖体18SrRNA序列以及部分藻株的核糖体5.8S rRNA和ITS序列,同时从基因库搜索相关微藻的基因序列,对这些微藻的系统发生关系进行了分析,以为这些藻株的分类鉴定提供分子依据。扩增的绿藻门3个属的18SrRNA序列长度在1671-1729bp之间,分析结果如下:(1)杜氏盐藻属26株盐藻18SrRNA序列的GC含量最低为48.4%,最高为49.0%,在比对的1638个位点中,保守位点1531个,转换和颠换位点92个,插入或缺失位点15个,转换和颠换位点变异率为5.6%,插入或缺失位点变异率为0.9%。系统分析结果表明,26株盐藻可分为三大支,其中D.salina, D.bardawil,D.tertiolecta,D.bioculata,D.primolecta,D.parva共同聚类成一支, D.viridis和D.lateralis strain Nepal分别聚为一支。这与利用ITS1和ITS2进行分析的结果相似。根据序列多样性,7株未明确盐藻中,A43、A57、A83、A85和C43均与D.viridis亲缘关系最近,可以确定为D.viridis的不同株系。而根据18S rRNA序列分析,A121和A124聚类位置处于D.salina和D.viridis之间,根据ITSs序列,两者则与D.viridis更为接近。(2)四爿藻属19株18SrRNA序列GC含量最低为46.8%,最高为47.7%,在比对的1628个位点中,保守位点1551个,转换和颠换位点66个,插入或缺失位点11个,转换和颠换位点变异率为4.1%,插入或缺失位点变异率为0.7%。系统分析表明,四爿藻属19个序列可以分为四个分支,其中C75与T.striata的亲缘关系最近, C73、C74、C152与T.suecica strain KMMCC P-9和T.subcordiformis之间的亲缘关系最近,而C151可能属于T. helgolandica var.tsingtaoensis的一个株系。(3)小球藻属18SrRNA序列的GC含量最高接近50%,在比对的1756个位点中,保守位点1707个,转换和颠换位点49个,无插入或缺失位点,转换和颠换位点变异率为2.8%。种质库的CF126与C.sorokiniana亲缘关系最近。金藻门两个属的分析结果如下:(1)在比对的23株巴夫藻的18S rRNA序列1714个位点中保守位点1464个,插入或缺失位点70个,多态位点180个,其中简约信息位点147个。构建进化树结果表明,23个巴夫藻相应序列可分为4个大支,8个P.pinguis株系与1个P.pseudogranifera株系优先聚为一支,5个P.gyrans聚为一支,3个Pa. salina株系单独聚类成一支,来自种质库的藻株BF和P. viridis优先相聚又依次与P.virecens和P.lutheri相聚,结果表明,BF可能就是P. viridis的一个株系。(2)7株等鞭金藻的18S rRNA部分序列的比对结果表明,在比对的1399个位点中,保守位点1341个,插入或缺失位点13个,多态位点45个,其中简约信息位点2个。亲缘关系分析结果表明来自种质库的3011、8701与球等鞭金藻(I. galbana)有非常近的亲缘关系,S18、S29与I. aff. galbana ’Tahitian isolate’亲缘关系最近。PCR扩增种质库的4株硅藻18SrRNA序列长度为1687-1726bp之间,与基因库已有的相关22条序列信息进行比较,亲缘关系分析结果表明,根据18S rRNA可将分属于菱形藻属、褐指藻属和角毛藻属的硅藻完全分开,其中来自种质库的B228和B253与三角褐指藻(P.triconutum)完全聚为一支,说明两者均为三角褐指藻的不同株系,而B13则与角毛藻属的微藻种C.gracilis完全聚类。本研究的结果还表明,小新月菱形藻完全与三角褐指藻聚为一支,而并未与菱形藻属的新月菱形藻聚类,显示该微藻可能与三角褐指藻的亲缘更近。