面对产能过剩、产业结构转型升级和“第三次工业革命”三大挑战，创新驱动战略已经成为提升我国企业竞争力的必然选择。构建以企业为主体、以核心企业为主导的技术创新生态系统，是培育具有国际竞争力的创新型企业，进而提升我国自主创新能力和国家竞争力的关键。尽管现实中不乏有成功的企业主导型创新生态系统，但是多数创新合作并不成功。调查发现：即便成功的企业主导型创新生态系统的核心企业也存在以下三个主要实际问题：一是，核心企业的主导能力不强、合作伙伴选择失误等问题；二是，合作创新过程中的资源优化配置或合作效率不高问题；三是，核心企业与创新参与者合作创新策略选择的博弈演化影响因素不清问题。核心企业主导型创新生态系统要健康运行和发展亟待有效地解决上述问题，而这些问题的解决需要开展相关的理论研究。围绕这三个实际问题，现有研究的局限性表现在以下几点：一是，缺乏核心企业主导型创新生态系统形成机理的实证研究。现有研究多是围绕非主导型创新生态系统展开，很少关注主导型创新生态系统的生成动因。二是，缺乏指导核心企业主导能力测度和合作伙伴选择的方法研究。尽管围绕创新网络和创新联盟有一些网络能力和联盟能力的测度研究成果，与网络能力和联盟能力相比，核心企业主导能力存在明显区别，而针对核心企业主导能力的研究却鲜有涉及。三是，缺乏核心企业主导型创新生态系统运行机理和演化机理的实证研究。现有文献多是针对无核型创新生态系统创新机理的研究成果，尚鲜见对非对称的有核型的创新生态系统的运行机理和演化机理的研究成果。目前以企业为主导的创新生态系统的研究落后于企业创新实践。对核心企业为主导型创新生态系统的内在机理研究还有较大空间，如何构建核心企业主导型创新生态系统、如何提高企业主导型创新生态系统创新效率、如何促进创新系统有序演化和有效治理，是目前亟待研究的重要课题。　　本文基于创新理论和生态系统理论，综合运用因子分析法、扎根理论方法、演化博弈和数值仿真等理论方法，围绕核心企业主导型创新生态系统的形成、运行和演化机理展开研究。主要创新性结论包括：　　一是，对调查数据利用主成分分析法进行探索性因素分析，提取出核心企业主导型创新生态系统的关键驱动因素是市场因素、政策因素、核心企业驱动因素、经济利益因素和技术收益因素。研究结论为核心企业主导型创新生态系统形成机理研究和探究各驱动因素之间的协同机理提供了基础。　　二是，运用扎根理论方法对核心企业主导型创新生态系统的核心企业主导能力的测度维度进行探索性研究，通过开放式编码整理出16个范畴，最终通过主轴编码归纳得到技术引领能力、平台构建能力、关系协调能力、资源整合能力4个主范畴，并对核心企业主导能力的测度框架进行阐释。该研究结论既为后续核心企业主导能力的相关实例评价问题提供了思路和方法，也为开展核心企业主导能力对合作创新绩效的作用机制研究提供了理论框架。　　三是，在分析核心企业主导型创新生态群落和合作创新参与者之间的匹配关系基础上，构建了核心企业与创新合作成员的评价指标体系，并借鉴三维空间几何概念，构建了匹配度测算模型。这一研究结论为核心企业主导型创新生态系统选择创新合作伙伴提供了方法工具，测度结果作为核心企业选择参与成员的依据。　　四是，基于生态学有限环境下种群增长的Logistic方程，以内源性视角为切入点，剖析了核心企业主导型技术创新生态群落创新能力的演化机理。创新生态群落整体创新能力与核心企业和创新合作伙伴的创新资源和技术投入有关。创新生态群落整体创新能力的演变既存在渐变也存在突变。这一研究结论对于培育和提升核心企业主导型创新生态系统自主创新能力具有更为重要的理论意义。　　五是，借助演化经济学研究工具，构建了合作创新模式选择的博弈模型，并对策略选择进行了演化动态稳定性分析，采用复杂适应系统多智能体(Multi-Agent)的整体建模仿真方法，运用Netlogo仿真平台数值仿真演示了决策参数的不同取值和初始条件的改变对演化结果的影响。结果表明：核心企业主导型创新生态系统创新模式选择演化系统收敛于四种模式，一种为理想状态，三种为不良“锁定”状态；通过调节参数也难以跳出不良“锁定”状态，不容易诱导企业朝着期望的方向演化。这一研究结论揭示了合作创新模式选择的影响因素以及因素不同组合状态下的创新模式组合趋势，为通过变量调整来维护核心企业主导型创新生态系统的合作创新稳定性提供理论依据。　　六是，以卤水精细化工产业技术创新战略联盟为案例，首先，分析了其形成动机因素包括默锐科技主导企业因素、合作利益驱动因素、外部环境驱动因素，较好的印证了前文的结论。其次，利用灰色关联分析法评价了默锐科技的主导能力，结果显示山东默锐科技有限公司对卤水精细化工产业技术创新战略联盟的核心企业主导能力属于较好水平。最后，利用前文研究设计的匹配度测度方法，具体对青岛科技大学与默锐科技的匹配程度进行了测量，结果显示二者较为匹配，但青岛科技大学的综合科研素质略低于默锐科技对成员的要求水平。以上结论既为默锐科技提高主导能力提供决策参考，也为其选择合作伙伴提供方法借鉴。