责令停产整治措施是2014年修订的《环境保护法》第60条针对环境污染与生态破坏新增的一项治理措施,是生态环境主管部门针对超标、超总量的排污行为,责令停止排污者一定期限内的生产经营活动,由排污者自行制定并实施整改方案,淘汰落后生产工艺的设备,从源头防治污染,减少污染物排放。但是,由于责令停产整治的基本制度理论不完善,实践适用存在诸多不协调问题,影响制度实效的发挥,为此本文展开相关探讨。本文以2014年修订的《环境保护法》、配套的部门规章和各污染防治单行法形成的环境法律体系为理论基础。在简要论述责令停产整治的基本概念、行为特征及法律价值基础上,分析责令停产整治措施在制度体系和实践适用中存在的问题,包括主要内容不明确、实施程序不完善、监管力度不充分和救济途径不健全等问题。责令停产整治措施存在诸多问题的根本原因就在于对其行为性质的认定不统一,导致基本理论内容不完善,进而产生一系列适用问题。分析责令停产整治具有的补救性、阶段性和激励性特征,对比行政处罚、行政强制措施和行政命令,最终认定责令停产整治的行为性质属于行政命令。进一步分析限期治理制度、行政责令行为和责令改正及按日连续处罚措施,解释责令停产整治的行政命令性质。针对责令停产整治措施存在的问题提出完善建议。在《环境保护法》《环境保护主管部门实施限制生产、停产整治办法》中具体明确责令停产整治的基本概念和行为性质,修改和完善适用条件,规范实施程序,加强监管力度,确认责令停产整治的可诉性和行政赔偿范围。通过制度设定完善责令停产整治的基本内容,形成执行有力、激励有效、良性互动的环境治理体系。