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为了研究樟子松在不同地理环境下的遗传多样性,并探究在引种过程中出现的引种退化问题,选择了四个不同地理位置的樟子松群体(围场、红花尔基、榆林和章古台群体)进行遗传多样性研究。本研究采用油松转录组数据开发樟子松EST-SSR引物,并对樟子松的SSR反应体系进行优化,从中筛选具有多态性的樟子松引物。首次利用EST-SSR分子标记的方法对樟子松不同群体的遗传多样性进行了系统全面的分析,阐明了樟子松群体间和群体内的遗传变异情况,并对不同地区的地理环境因素进行了相关性分析,得出了遗传变异与生态因素之间的关系。本研究为樟子松的人工引种推广提出理论依据,并为樟子松的遗传资源保护提供科学指导。研究结果：1.获得了樟子松SSR反应体系的优化结果。以围场群体的樟子松为样本,对模板DNA浓度、Taq酶含量、dNTP浓度、引物浓度这4个因素做单因素多水平实验,得出初步的优化结果。然后对这4个因素在4个水平上做L16(45)正交试验,进一步优化结果,得出樟子松SSR反应体系的最佳优化结果。2.开发了25对樟子松EST-SSR多态性引物,这些SSR位点主要重复类型为二核苷酸重复(8个,占32%)和三核苷酸重复(11个,占44%),其它重复6个,占24%。经过BlastX和Gene Ontology分析,发现了12个可能具有潜在功能的位点,占总数48%。3.获得了四个群体的遗传距离和遗传多样性的影响因子。利用其中15对引物对四个群体的多态性数据进行聚类分析,显示红花尔基和章古台群体的遗传距离较近,其次是围场群体,最远的是榆林群体。多元回归分析显示樟子松遗传多样性与地理纬度具有显著相关性,说明樟子松遗传多样性受纬度影响。4.根据研究数据,提出了对樟子松的保护和引种建议。在四个群体内,只有榆林群体符合哈迪温伯格平衡,章古台群体连锁不平衡位点数最多,是因为该地区种子园受到了过多的人为干预。在遗传资源的保护过程中,避免连续近交引起的引种衰退现象发生。人工引种可以向环境相似或者地理位置相近的地区延伸。