当前我国的农民专业合作社发展相对滞后,普遍存在规模小、产业链短、抗风险能力不高、盈利水平低等问题,此时合作社需要突破原有的发展模式向纵向一体化方向发展,从而扩大规模、延长产业链、降低交易成本、增强其抵御市场风险能力、提高盈利水平。本文主要从以下几个方面对农民专业合作社纵向一体化运行模式问题进行研究:第一,通过对国内外相关文献整理进行综述,总结当前国内外学者对于农民专业合作社纵向一体化发展情况的认识,从而引出本文的研究主题;第二,通过理论分析,总结归纳农民专业合作社纵向一体化相关的基础理论,同时对合作社纵向一体化的典型模式进行简单分析;第三,在此基础上以江苏省为例,分析农民专业合作社纵向一体化发展现状,分别从苏南、苏中、苏北地区选取南京绿桥瓜果菜专业合作社、高邮市界首水稻生产服务合作社以及江苏省射阳碧林大蒜专业合作社作为具体案例,详细分析其纵向一体化模式运行情况;第四,基于模糊层次综合评价法分别从运行成本、融资情况、纵向一体化程度、模式的适用性、综合效益五个方面构建农民专业合作社纵向一体化模式运行效果绩效评价体系,然后对选取的三个典型案例运行效果进行绩效评价,并得出相应结论。基于本文得到的相关结论,提出以下政策建议:第一,多种途径支持农民专业合作社获得融资;第二,适度发展农民专业合作社纵向一体化;第三,努力提高农民专业合作社的服务质量;第四,注重生态效益的获得;第五,加快构建完善的农民专业合作社人才培养体系。