大麦HinA基因SNP变异及其与籽粒硬度的关联性分析

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根据已知大麦HinA基因的保守序列设计特异引物,对36份北美栽培大麦材料,46份西藏野生大麦的HinA基因进行了SNP分析,并开发出特异SNP标记。在此基础上,分析了栽培大麦HinA基因的SNP变异与籽粒硬度之间的关系。同时,探讨了西藏野生大麦在大麦起源与进化中的地位。主要研究结果如下: 1.对92份北美栽培大麦的籽粒硬度、蛋白含量、湿度和千粒重进行了测定,发现籽粒硬度变化为55~77。相关分析表明,籽粒硬度与湿度呈极显著负相关,而与千粒重呈显著正相关。这表明籽粒硬度的大小受籽粒湿度和千粒重的影响。 2.对36份北美栽培大麦品种的HinA基因进行序列分析表明,HinA基因具有丰富的SNP变异。根据这些位点设计了18对SNP标记引物,对92份北美栽培大麦材料进行SNP分析表明,92份材料中存在4种单倍型,其中有68份材料属于同一种单倍型。利用’Whiskerplot方法对HinA基因SNP位点与籽粒硬度之间的关联性分析表明,两者之间不存在显著相关性。 3.对来自西藏的46份野生二棱和六棱大麦材料的HinA基因进行序列分析表明,西藏野生大麦HinA基因序列相似程度极高(同源性为99.7%)。将这些序列与已知125条HinA基因序列进行比对发现,171条序列中存在18种单倍型。利用中介邻接网络法对18种HinA基因单倍型之间的关系进行分析表明,可将18种单倍型分为四种单倍型组,且单倍型组Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ之间的距离均为五个突变位点,而在Ⅰ和Ⅱ之间仅有三个突变位点。根据171条HinA基因序列的系统进化分析表明,171条HinA基因也可划分为四个组,该结果是与单倍型分析结果完全一致。
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