现行的宅基地无偿使用制度是造成农村宅基地超面积占用、一户多宅、空心村等问题的制度性根源。为了解决上述问题,2015年国家提出封闭试点运行“三块地”改革,其中宅基地制度改革的方式之一就是探索宅基地有偿使用制度。现阶段的宅基地有偿使用,已不再局限于单纯收取有偿使用费,还探索了宅基地资源市场化配置的内容。然而,在试点地区有偿使用取得显著成果的同时,农民权益受侵害的现象也频频发生。其中特定集体成员有偿使用权被剥夺,合法宅基地利益被侵夺,集体决策权和集体收益分配权被侵害的问题尤为突出。因此,通过研究试点改革地区的实践模式,探究农民权益受损的原因和对策就具有重大的现实意义。研究表明,只有完善集体经济组织成员资格相关立法,明确集体成员资格取得、排除及丧失的标准,才能保护特定集体成员的宅基地有偿使用权。为了更好的评估宅基地的价值,应当由县级以上地方人民政府土地管理部门编制当地宅基地基准地价,建立当地宅基地价值评估体系。要科学运用民主议事程序,明确行使集体决策权和救济不合法决定的方式。须经全体研究通过宅基地有偿使用和利益分配方案,并严格依法保障农民在合法条件下取得的宅基地利益。有偿使用费应当属于村集体所有,遵循“取之于村,用之于村”的原则,在留存村内建设资金的前提下分配给各集体成员。至于地方政府能否参与分成的问题,应当在试点结束后交由国家处理。