在建设国家创新体系的背景下,经济发展方式逐渐由要素驱动转变为创新驱动。医药产业对技术依赖程度较高,提高自主研发创新能力对于其发展具有长远战略意义。近年来,中国医药产业的增加值持续高于GDP增速和全国工业平均增速,医药产业的规模不断扩张,总体上已经步入高速发展时期。但医药产业内部创新动力不足、自主创新产品少、国际市场竞争力弱等劣势,构成了制约中国医药产品突破竞争重围的瓶颈。在新医改和新版GMP的政策推动下,技术创新的应用领域将得到进一步扩展。企业作为医药技术创新的主体,需利用有限的创新资源,将其转化成为持续的竞争优势,从而提高技术创新效率。本文在归纳医药技术创新效率评估的相关研究、探讨医药技术创新机理的基础上,以103家中国医药上市公司2009~2013年的面板数据为样本,根据创新生成和创新转化两个阶段的特征构建投入产出评价指标体系,并运用到带有时滞设定的超越对数生产函数随机前沿模型中,从而对中国医药产业上市公司的技术创新效率进行评价,进而探讨中国医药产业技术创新效率的阶段分布差异、区域分布差异等,对关键影响因素的作用加以分析,最后提出相应的政策建议。通过本文研究,得到的主要结论有:(1)中国医药上市公司的技术创新效率具有阶段性,创新生成阶段的资源利用率介于39%-46%,创新转化阶段的效率损失不超过35%,创新生成的效率远低于创新转化的效率。(2)从创新资源投入到创新成果产出、从创新成果产出到成果转化成利润的创新过程存在时滞,考虑时滞后的技术创新效率值(1年或2年)明显高于时滞为0的技术创新效率值,并且医药企业的技术行为、主体特征、外部环境对技术创新效率所发挥的作用均不同程度地受到了时滞的影响。(3)科技成果的生成促进了创新成果的转化。(4)创新生成阶段,企业规模对技术创新效率具有正向影响,研发人员强度、股权集中度对技术创新效率具有负向影响,研发费用强度与创新生成效率之间存在倒“U”型关系,政府支持力度与创新生成效率之间存在“U”型关系。(5)创新转化阶段,专利水平、员工受教育水平对技术创新效率均产生了正向影响,股权集中度、企业规模与创新转化效率存在“U”型关系。(6)国有企业的创新生成效率和创新转化效率均明显高于民营企业。针对以上结论,本文从若干角度出发提出了若干建议。