大蒜（Allium sativumL.）具有自然休眠的生理特性，休眠期间，大蒜鳞茎水分及各种营养物质含量下降，品质降低，对大蒜的生产及商品品质有不利的影响，研究大蒜休眠机理及快速打破其休眠的方法具有现实意义。本试验从植物生理和分子生物学两方面入手，通过不同浓度的GA3、ETH结合低温处理大蒜鳞茎，以期探明快速解除金乡蒜休眠的技术与生理特性变化，并利用高通量测序技术，对不同时间清水浸泡处理的金乡蒜进行了转录组分析，研究了清水处理时间对大蒜打破休眠、促进其萌发分子机制的影响，筛选出其中与休眠萌发相关的差异基因，促进了大蒜生理代谢休眠和萌发相关基因的发现，有利于对大蒜休眠分子机制的研究。　　通过研究得到以下结论：　　（1）探明了快速打破休眠的方法技术，GA3、ETH浓度分别为50mg·L-1、188.7mg·L-1的混合溶液浸泡大蒜鳞茎1h后的萌芽速度最快，浸泡后进行20天12℃的低温处理，可有效打破大蒜休眠，使大蒜鳞茎的休眠期缩短40天以上。且此方法对后期大蒜幼苗生长没有不利影响，不影响大蒜幼苗的品质。　　（2）经过0h、2h、8h、24h清水浸泡处理后的大蒜鳞茎，内芽生长及鳞茎萌发随浸水时间的增加而加快。样品经过转录组测序后，最终获得36.09Gb数据，165,810个大蒜ALL-Unigene，总长度为159,552,541bp，N50长度为1,504bp，GC含量为39.11%。　　（3）获得的ALL-Unigene与NR、NT、Swissprot、COG、KEGG、GO及Interpro七大功能数据库进行比对后，分别有69,425、44,541、47,558、25,880、52,506、10,878和46,192个获得功能注释。通过与COG数据库的比对，将其分为25个不同功能注释，其中涉及一般功能预测，复制、重组和修复，转录，翻译后修改、蛋白质周转、伴侣蛋白，翻译、核糖体结构和生物合成，信号转导机制等功能基因分布较多。对ALL-Unigene进行GO和Pathway富集分析，得到53个不同功能分类和21个代谢通路。根据注释结果共检测出68,527个CDS，未注释上的Unigene使用ESTScan预测后获得6,227个CDS。　　（4）通过对ALL-Unigene的SSR进行检测，共识别到11,648个SSR，其中5,283个SSR分布于10,235个Unigene中，分布SSR数量最多的类型为单核苷酸型。　　（5）通过对不浸泡和清水浸泡2h的大蒜内芽进行差异表达分析，得到差异表达基因有2,799个，其中上调表达的差异基因有1,483个，下调表达的有1,316个；对不浸泡和清水浸泡8h的大蒜内芽差异表达分析后，得到差异表达基因有2,246个，其中上调表达的差异基因有1,190个，下调表达的有1,056个；对不浸泡和清水浸泡24h的大蒜内芽进行差异表达分析，得到两组的差异表达基因有3,516个，其中上调表达的差异基因有2,096个，下调表达的有1,420个。利用qRT-PCR对代表性基因的表达水平进行验证，与Illumina测序结果一致，表明Illumina Hiseq平台测得的基因表达数据具有较高的可靠性。　　（6）对大蒜内芽差异表达基因进行GO和Pathway富集分析，与休眠萌发相关的GO通路中，在D组表达量高的基因NR注释为与生理代谢有关的水解酶、蛋白酶，还有部分与赤霉素、脱落酸合成途径有关的信号物质。在KEGG信号转导途径中，与激素信号转导有关的差异基因随浸泡时间增加表达升高。　　（7）对植物激素信号转导通路进行重点分析，筛选得到与大蒜休眠相关的上调基因AsGA3ox，AsSAUR和AsBRI1及一系列下调基因。