日本二十世纪五六十年代开始实施的公害防止协定制度对日本在公害控制方面发挥了重要的作用。正如日本学者原田尚彦在其所著的《环境法》中所言:“公害防止协定与法律和条例并列,成为第三种公害防止行政上的强有力的控制手段……如果没有公害防止协定,地方公共团体的公害控制简直就无从谈起,这就是今天的实情”。纵观其他采用相似制度的国家,情况也大致如此。任何一种法律制度的构建都需要理论的依托。我国学界对于公害防止协定制度及其本土化的研究自上世纪末已经起步,从该制度的萌芽及发展、构建该制度的必要性、功能性和可行性,到制度具体内容的设计等等,都有所研究。然而对于制度的借鉴和本土化过程中基础理论研究、与我国现有的法律体系融合,以及其与相关的法律制度的衔接等问题却关注较少。本文对日本公害防止协定制度及世界各地与之类似制度进行了较为详细的研究后,就其借鉴到本土来完善我国的环境行政合同制度进行了较为全面的论述。本文正文分为三章:第一章论述了二十世纪六十年代公害防止协定制度在日本的萌芽及其产生的背景,因为一项法律制度的产生与它当时所处的社会、经济、法律背景是密不可分的,这也为研究我国环境行政合同制度奠定基础。其次着重分析了该制度的法律性质,在总结分析公害防止协定制度自产生以来的有关其法律性质的各种理论观点的基础上,认定其性质是行政契约。最后论述了该制度对日本公害治理所产生的效果和作用。第二章介绍和评价了欧盟诸国,主要是法国和荷兰环境协议制度的运用,以及美国、中国台湾地区的与之相似的制度等,这些制度均是公害防止协定制度在世界各地的发展,进一步说明了这种弹性环境行政管理方式的独特性和其在环境保护、公害治理方面的有效性,以期为我国环境行政合同制度的构建提供更多的参考模式。第三章在对比我国目前与二十世纪六十年代日本的政治社会、经济、法律背景的基础上,考虑到我国环境管理的基本国情和环境行政合同制度的实践基础,借鉴日本公害防止协定制度及其他国家的环境协议制度的先进经验,对构建和完善我国的环境行政合同制度提出具体的建议,包括合同的适用范围、在合同的执行过程中加强行政指导、重视其契约性的实质特征,以及构建必要的配套制度。