随着我国生态环境状况的日益恶化,生态环境保护与经济社会发展之间的矛盾愈来愈突出,生态环境保护制度建设势在必行。论文在对生态环境保护制度及制度系统内涵界定的前提下,构建了生态环境保护制度系统结构模型,对协同视角下生态环境保护制度系统的结构内涵、特征进行了分析。在此基础上,分别从我国生态环境保护制度子系统序参量识别、我国生态环境保护制度子系统的有序发展水平、我国生态环境保护制度子系统间的协同发展水平等三个方面进行了研究。首先,针对我国生态环境保护制度系统结构的分析,本文建立了我国生态环境保护制度系统结构概念模型,指出生态环境保护制度系统的结构是指行政型制度子系统、法律法规体系子系统、环境经济政策子系统和公众参与制度子系统等子系统间以及子系统内各项具体制度间的相互作用关系；基于此,从协同学的角度出发,分析得出系统结构是否合理有效取决于四类子系统的有序发展水平以及子系统间的协同发展水平。然后,针对我国生态环境保护制度子系统序参量的识别,本文在选取我国生态环境保护制度系统状态变量的基础上,建立了系统协同演化模型,对四类子系统的序参量进行识别,研究发现：行政型制度子系统、法律法规体系子系统、环境经济政策子系统、公众参与制度子系统的序参量分别为环保系统人员数和环境影响评价制度执行合格率、生态环境保护规章数、环境污染治理投资总额、当年办理人大政协环保议案提案数。最后,为从协同学角度研究我国生态环境保护制度系统结构的合理性和有效性,本文构建了系统协同度评价模型,首先对四类制度子系统有序发展水平进行研究,结果发现四类子系统有序度由高到低依次为：行政型制度子系统、法律法规体系子系统、环境经济政策子系统、公众参与制度子系统。在此基础上,对我国生态环境保护制度子系统间协同发展水平进行研究,结果发现：我国生态环境保护制度系统总体协同度并不高,主要原因在于生态环境保护制度子系统在协同发展过程中存在“木桶效应”,即环境经济政策子系统和公众参与制度子系统有序度的“短板”在一定程度上决定了整个制度系统协同度较低,进而决定了我国生态环境保护制度系统结构合理性水平较低。针对研究结论,本文给出了提高我国生态环境保护制度系统协同度的对策措施。