在全球范围内，世界主要经济体为驱动创新、增加就业，纷纷将中小企业放在更重要的位置。改革开放以来，经过30多年的快速增长，中国中小企业整体上有了很大的提升，已经成为推动国民经济增长的重要驱动力。但是后金融危机持续影响暴露出我国中小企业深层次的问题，其中之一就是研发投资不足、核心技术缺乏。虽然我国众多中小企业采取公司制形式，但是公司治理结构不完善，企业无法站在战略高度建设企业R&D投资机制。因此，公司治理结构与R&D投资关系如何？如何通过完善公司治理结构来调整企业R&D投资机制？这些问题都是值得深入研究的课题，也是本文研究的出发点。论文通过对现有文献进行梳理，在理论分析基础上提出研究假设，以深圳证券交易所中小企业板块2010-2012年连续披露R&D支出的制造业和信息技术业公司为样本，利用Stata10.0统计软件对平衡面板数据进行统计描述和回归分析。得出以下结论：第一，第一大股东持股比例与R&D投资存在显著的“U”型非线性关系，极值点为43.08%；以第二大股东持股比例与第一大股东持股比例之比值作为股权制衡度的代理变量，其与R&D投资之间的正向关系没有通过t检验；非国有性质的制衡股东制衡效果较差。第二，两职合一在固定效应模型中与R&D投资呈不显著的负相关关系，在忽略企业个体效应的混合OLS模型中与R&D投资正相关；独立董事占比的提高对改善企业R&D投资未起到明显作用，在两职合一的董事会中，独立董事占比对R&D投资存在负效应；董事会规模与R&D投资呈显著的先下降后上升再下降的非线性关系，经计算分析得出最优的董事会规模为9人。第三，高管股权激励过度会降低企业R&D投资，在股权激励力度偏低的情况下，高管持股比例增加对R&D投资的提高有促进作用；董事会持股比例与R&D投资正相关，监事会持股比例与R&D投资负相关，但是两者没有通过显著性检验。最后根据研究结论提出有针对性的建议、研究局限及展望。