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社会系统论为构建医药卫生体系提供了科学的理论指导。医药卫生系统是一项庞杂的的系统性工程，运用系统论来研究医药卫生体系具有一定的适配性。本文根据系统论整体、层次、关联、统一的四个特点，从理论角度出发分析了我国目前的医药卫生体制当中各子系统存在的具体问题。从目标规划系统构建、医疗卫生服务、医疗保障制度、公共卫生体系、药品供应保障、医疗卫生信息等方面分析了我国目前正在进行的医药卫生体制改革的现与问题，并相应地提出了对策，为我国医药卫生体制改革提供了一些发展思路。