1937年“七七事变”之后，散原老人忧愤绝食而死。
　　陈寅恪在匆忙料理完父亲的丧事后，携带家眷仓皇逃离北平。对于当时的情境，陈寅恪夫人唐癸在《避寇拾零》里有所记录：“我和寅恪各抓紧一个大小孩(流求9岁，小彭7岁)，忠良照料小件行李。王妈抱着才四个多月的小美延。当时必须用力挤着前进，一家人紧紧靠拢，深恐失散。直到住进租界，不见日本鬼和太阳旗，心中为之一畅。”几经辗转周折，一家人到了长沙，“11月20日夜到了长沙，天仍在下雨，幸先发电，有人来接，得以住在亲戚家张宅，到时已在深夜了”。
　　到了长沙没多久，时局变化，陈寅恪一家不得不再度南行。先是到达香港，唐癸因过度劳累，突发心脏病，不能继续前行，但陈寅恪惦记着学校事务，遂于春节后只身取道安南、海防，最终到达云南蒙自。在歌胪士洋行刚一住下，他就染上了当地盛行的疟疾，痛苦不堪，过了很长时间才勉强好转。
　　蒙自虽是偏僻蛮荒之地，但却有着美丽的自然风光与人文底蕴，特别是歌胪士洋行旁边的南湖。南湖亦叫“学海”、“泮池”，一开始不过是个取水坑，后经修缮成为碧波荡漾的大小两个湖泊。南湖一年四季碧波万顷、岸柳成荫，沿湖内外古迹景点众多，风光涟漪，蜚声遐迩。西南联大的教授们在教书之余，也没有什么好的去处，傍晚时分便经常溜达到南湖岸边，聊聊天、发发呆。刘文典、陈寅恪、吴宓、浦江清等教授都是南湖的常客。
　　在吴宓看来，南湖颇似杭州的西湖，因而他写一首诗，其中就有“南湖独步忆西湖”的句子，情绪尚且悠闲。可到了陈寅恪的眼中，南湖却颇有几分北平什刹海的风味。一天傍晚，他和吴宓散步到南湖附近，站在桥头望着湖面上肆意绽放的荷花，远处传来酒楼里划拳、喝酒的吵闹声，一时间百般感触，不禁随口吟成一首七律：
　　风物居然似旧京，荷花海子忆升平。
　　桥边鬓影犹明灭，楼上歌声杂醉醒。
　　南渡自应思往事，北归端恐待来生。
　　黄河难塞黄金尽，日莫关山几万程。
　　到了蒙自之后，由于生了疟疾，陈寅恪的身体每况愈下。在此之前，陈寅恪患有眼疾，视力大不如前，并有逐步衰竭的趋向。战时经济紧张，蒙自的生活虽然还算过得去，但也几乎只能是保证每天不至于饿肚子，更多的营养就谈不上了，这都加剧了陈寅恪的病情。“家亡国破此身留，客馆春寒却似秋”，有时候想想，难免落寞孤寂。
　　陈寅恪先生的学问和授课，都是当之无愧的联大翘楚。在清华大学任教的12年，是陈寅恪学术功力全面爆发的“黄金时代”，他一生著文约百篇，其中一半以上是在这一阶段完成的。到了云南以后，由于藏书被焚或被窃，陈寅恪只能以手边残存的眉注本《通典》为蓝本，凭借过人的记忆力与理解力，完成了《隋唐制度渊源略论稿》一书。这本书在香港商务印书馆印刷期间又遭日寇烧毁，但仅从由其旧稿拼凑而成的重庆商务印书馆重印本来看，亦足可见陈寅恪在文学、历史等领域的造诣与成就，“他比汉、唐、宋以及明清有成就的著名学者们，前进了一大步，为中国的学术文化研究开辟了新纪元”。
　　陈寅恪上课，自成风格。假如你在西南联大的校园里见到他行色匆匆去上课，不用开口问他“今天讲什么”，只需要看他肩上挎包的颜色就知道了。黄色的代表要讲佛经文学、禅宗文学，蓝色的则代表要讲其他课程，从不混淆。
　　陈寅恪上课声音并不大，习惯于平铺直叙，习惯于引经据典，但精彩往往就闪现在这有意无意之间。有一次讲白居易的《长恨歌》，光是为了考证第一句“汉皇重色思倾国”中的“汉”字，就足足讲了四节课，吓得一些学术功底不扎实的学生再也不敢随意走进他的课堂。
　　1941年年末，太平洋战争爆发，香港沦陷，在香港大学任客座教授的陈寅陪一时下落不明。对此，刘文典极为关注，多次在课堂上跟学生说：“陈先生如遭不幸，中国在五十年内，不可能再有这种人才。”
　　陈寅恪是我国当代著名历史学家。他与梁启超、王国维并称清华三巨头。他毕生从事历史学的研究与教学，尤其长于魏晋南北朝、隋唐史、蒙古史、唐代和清代文学、佛学的研究，并培养造就出一大批文史方面的杰出人才。他一直受到人们的景仰和崇敬，被称为“300年来仅此一人”的“教授之教授”。