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不良反应与α干扰素和长效干扰素相关的不良反应包括疲劳、流行性感冒样症状、胃肠道紊乱、血液学异常、神经精神病学反应（明显的抑郁症）、甲状腺机能异常和皮肤用药反应，例如脱发和瘙痒症。利巴韦林主要的不良反应是溶血性贫血。虽然某些不良反应的出现可能不同，但α干扰素和长效干扰素之间出现的不良反应大体相似。在Fried等人的研究中，与α干扰素组相比较，长效干扰素alfa-2a组出现的流感样症状、头痛、脱发和抑郁（最低限度5％）较少。Manns等人发现，与Q干扰素组相比较，使用长效干扰素alfa-2b的流感样症状和一些