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为了提高我国科研院所行政管理绩效评价的得分,提升我国科研院所行政管理的质量,提出新时期我国科研院所行政管理绩效评价研究采用平衡计分卡的形式,建立科研院所战略地图的实施计划,确定科研院所使命和战略目标;采用平衡计分卡中的指标分解矩阵建立行政管理绩效评价指标体系;通过科研院所行政管理绩效评价算法设计完成绩效评价。实验结果表明,采用所提方法的科研院所行政管理绩效评价得分提高了38.87%,证明了该方法的有效性。