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目的
了解2016—2018年昆明市手足口病病原构成情况，阐明昆明市流行的柯萨奇病毒A组6型（CV-A6）基因特征。
方法对2016—2018年云南省手足口病实验室监测系统收集的昆明市手足口病患儿样本使用CV-A16和肠道病毒71型（EV-A71）+ EV通用型核酸检测试剂盒进行实时荧光RT-PCR检测，并对非EV-A71和非CV-A16阳性样本进行普通RT-PCR扩增得到VP1全长序列。用MEGA 5.2软件对本次研究分离到的昆明市CV-A6毒株序列与参考序列构建系统进化树，分析其分子流行病学特征。
结果2016—2018年昆明市手足口病病原监测结果显示，昆明市实验室诊断手足口病共2 318例，其中，检出EV-A71阳性417例，CV-A16阳性883例，其他EV阳性1 018例。2016年的优势病原为CV-A16（50.26%），2017和2018年优势病原均为其他EV，分别占56.06%和54.03%。从其他EV共分离出CV-A6毒株57株，均属于国内流行的D3a亚型。
结论2016—2018年引起昆明市儿童手足口病的主要病原体是CV-A16和其他EV，应加强常规监测中其他EV的监测，并关注CV-A6毒株的持续流行。