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基因芯片是近年发展起来的自动化的、高通量的研究生物学问题的一门新技术。它综合了多学科的成就，在大规模研究基因功能的领域中已经有了卓有成效的应用。对大量产生的数据如何有效地分析，成为芯片研究中的一个热点。总体上，数据分析方法可分为非指导的方法和指导的方法。在分析前需要对数据进行标准化和精简，对分析结果需要检验和进行生物学分析。作者对目前常用的一些统计学方法作一介绍，并讨论其适用范围及优缺点。