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应用cDNA—SCOT研究了低温胁迫下不同抗寒性甘蔗品种的基因差异表达，比较了两种PCR产物电泳方法。结果表明，采用琼脂糖凝胶电泳成本较低，操作简单，省时，其凝胶图像条带亮白，背景为黑色，主带明显，副带较模糊；采用聚丙烯酰胺凝胶电泳成本较高，操作复杂，耗时，其凝胶电泳图像条带呈黑褐色，背景为浅黄色，主带和弱带清晰易读，但部分引物泳道背景深，影响差异基因鉴别效果。根据两种电泳方法的优缺点，提出应用cDNA-SCOT进行基因差异表达研究时的相关建议。