目的以中医理论为指导,运用网络药理学模式探讨柴胡桂枝汤治疗胃溃疡与癫痫的"异病同治"药效物质基础与分子作用机制,为中医药"异病同治"理论提供现代医学证据。方法借助TCMSP、TCMID数据库收集柴胡桂枝汤的化学成分及其潜在靶标,在PubMed、CTD和OMIM数据库中获取胃溃疡、癫痫的疾病靶标,运用Cytoscape3.6.0软件绘制柴胡桂枝汤对胃溃疡与癫痫"异病同治"的药效物质基础与分子作用机制网络,并运用DAVID 6.8和KOBAS 3.0进行基因靶标功能和通路富集分析。结果收集得到柴胡桂枝汤化学成分198个,成分作用靶标417个,胃溃疡疾病靶标114个,癫痫疾病靶标461个。网络分析显示柴胡桂枝汤中槲皮素、β-谷甾醇、汉黄芩素、山柰酚、柴胡皂苷a等152个活性成分通过PTGS2、VEGFA、TP53、IL6、TNF等17个共有靶点和癌症信号通路、晚期糖基化终产物与其受体信号通路、癌症蛋白聚糖通路等62条通路发挥对胃溃疡和癫痫的"异病同治"作用。结论胃溃疡和癫痫有17个共有靶标,2个疾病相似的功效作用网络是柴胡桂枝汤发挥"异病同治"作用的基础,152个活性成分通过17个共有关键靶点作用于62条关键通路实现其发挥"同治"药效作用;为传统中医药从肝、脾论治胃溃疡和癫痫的"异病同治"理论提供了现代医学证据。