种间远源杂交是创制果树新种质的方法之一,但是如何检测真正的种间杂交种一直缺乏高效、可靠的技术手段。本研究在基因组学研究的基础上,通过苹果(Malus)和梨(Pyrus)的全基因组序列比较分析,基于两者间的插入缺失位点,设计InDel特异性分子标记,结合PCR检测,筛选出6对特异性高、重复性好且扩增条带清晰的特异性分子标记。其中,3对标记引物来自梨基因组,3对标记引物来自苹果基因组,可有效检测两者间差异。利用上述6对特异分子标记对3组苹果和梨属间杂交后代的311株个体进行鉴定,结果表明7株后代可同时扩增出苹果和梨特异条带,确定为属间杂交种,占总杂交后代的2.3%。其中,’红星’(Malus domestica cv.’Starking’)×’考密斯’(’Comice’)杂种后代1株;’金冠’(’Golden Delicious’)×’砀山酥梨’(’Dangshansuli’)杂种后代3株;’富士’(’Fuji’)×’考密斯’(’Comice’)杂种后代3株。开发的6对梨和苹果的属间特异性引物可应用于远缘杂种的苗期鉴定。本研究开发的利用基因组特异性分子标记对梨属和苹果属的属间杂交进行鉴定的方法,不仅为苹果和梨的属间远缘杂交提供了高效、准确的检测标记,也为其他果树的属间杂交种鉴定提供了有价值的参考。