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[目的]本研究基于Fragment Analyzer全自动毛细管电泳荧光检测系统,以期建立一个最优的糜子GenicSSR分子标记PCR反应体系。[方法]试验采用L16（44）正交设计,设计了Taq DNA聚合酶、Mg2＋、dNTPs和引物的不同浓度组合,并用Pragment Analyzer全自动毛细管电泳荧光检测系统检测PCR产物。[结果]Taq DNA聚合酶、Mg2＋、dNTPs、引物浓度对PCR反应效应为：Mg2＋〉引物〉dNTPs〉Taq DNA聚合酶。通过正交实验设计确立了糜子Genic-SSR