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新文化运动时期，海克尔的许多著作被译成中文，他的学说被当作“科学”与“理性”的化身在中国得到广泛传播．并成为新派人物宣传科学、反对迷信的重要思想武器。但在新文化运动后期，由于受第一次世界大战后世界思潮转换的影响，海克尔的学说也曾饱受讥评，其影响也逐渐退出了中国思想界。海克尔及其学说在中国的遭遇，反映了新文化运动前后两个阶段在学理层面上的不同取向。