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[目的]针对遗传群体测序数据开发一种杂交后代鉴定方法,以获得继承双亲基因的真杂种后代,为果树杂交育种、遗传分析及遗传图谱构建奠定基础.[方法]本研究以越橘正反交群体共计318个F1子代和2个亲本为试材,利用SLAF技术进行简化基因组测序并比对越橘参考基因组获得群体SNP数据,通过稀有等位变异分析和基于PCA、K-means聚类的遗传关系分析鉴定供试群体中的非杂交后代,结果利用双亲纯合显性SNP标记进行验证.[结果]SLAF简化测序共获得65.89 Gb数据,GC含量39.72％,平均Q30为95.04％,亲本和子代平均测序深度为12.86×和5.41×.参照四倍体越橘基因组信息,正、反交组合分别获得73543个和114851个SNP,利用次等位基因频率(MAF)>0.05的SNP数据集分别对正、反交群体进行PCA和K-means聚类分析,鉴定出4个离群个体;利用MAF0.05的SNP数据集鉴定的4个离群个体).通过双亲纯合显性SNP标记进行验证,正、反交群体双亲纯合SNP位点分别占群体总SNP的34.56％和38.95％,除H194-123个体外,其余非杂交后代在验证结果中同为离群个体,即准确通过验证.[结论]对于有参考基因组物种的杂交群体,利用基于测序的SNP次等位基因频率(MAF)数据集,采用遗传关系和个体特有的稀有等位变异分析方法,从不同角度反映群体子代间的遗传关系以鉴别离群个体,是一种鉴定群体假杂交后代的有效方法.