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HBeAg并非HBV组装和复制的必需品，但在体内持续感染中发挥巨大作用。最近的研究表明，HBeAg下调机体对HBV的初始免疫应答，并导致T细胞免疫耐受。在慢性乙型肝炎（CHB）患者中，HBeAg的血清学转换意味着临床好转，肝病进入静止期，肝纤维化减轻，肝硬化、肝细胞癌的发生率降低。HBeAg血清学转换，不管是自发的，还是通过治疗实现的，通常预示着更可能实现HBsAg血清学转换，从而达到肝病长久、较彻底的临床好转。