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福建民办高校不仅在本省已经成为高等教育的重要组成部分，即便在全国而言亦因其创建较早，发展较快而具有一定的指标意义。然而，在新的历史发展阶段，福建省民办高校要实现从外延发展到内涵建设的新转变，创造自身的新贡献，还要面对许多挑战，实现许多突破。尤其是福建民办本科高校亟需通过强化二级管理，探索构建符合现实条件的民主治校模式，深化健全各层级的激励机制，来全面建立符合现代大学制度的法人治理结构。