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自酵母双杂交系统创建以来，已经成为研究蛋白质相互作用的重要手段，被广泛用于各个生物学研究领域，揭示了大量未知蛋白质之间的相互作用。近年，在经典的酵母双杂交系统基础上，针对其局限性，相继提出许多新的研究方法，如：双（多）筛选法，SOS富集系统，哺乳动物细胞双杂交系统，三杂交系统，单杂交系统，逆向双杂交系统，等等。本文将对上述方法进行详细叙述。酵母双杂交及其衍生系统已经成功地运用于蛋白质之间，蛋白质与DNA、PNA、配体之间的相互作用的研究。