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多序列联配(MA)在生物信息学研究中占有重要地位，MSA问题是一个典型的NP问题，遗传算法是求解NP完全问题的一种理想方法。文章针对MSA问题。提出了一种新型单亲遗传算法(PGA），不使用交叉算子，只使用变异和选择算子。并根据群体的多样性自适应调节变异概率，有效消除了算法中的欺骗性条件，使用灾变算子来确保算法的搜索能力。整个算法模拟了自然界进化的周期性，较好地解决了群体的多样性和收敛深度的矛盾。算法的分析和测试表明，该算法是有效的。