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党的十六届五中全会明确提出了“优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发”四类主体功能区。主体功能区划是中国国土空间区划与规划理论中的一个重大突破,实行主体功能区生态补偿政策,对于实现不同类型主体功能区的健康协调发展,具有重要的意义。从传统的生态补偿理论来探讨主体功能区建设的生态补偿模式,要充分发挥市场补偿机制的功能,同步落实主体功能区财政、产业、土地、人口管理、绩效评价和政绩考核政策,从法律上明确生态补偿责任和各生态主体的义务,为生态补偿机制的规范化运作提供法律依据。