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疫情期间,适用妨害传染病防治罪的合理性备受争议,其争议主要集中于是否符合刑法谦抑性原则以及是否符合罪刑法定原则。其他制裁方式无法制止妨害传染病防治行为的发生,适用妨害传染病防治罪符合刑法谦抑性原则。新型冠状肺炎属于《刑法》规定"甲类传染病",符合罪刑法定的要求。在不法阶层,应当准确界定妨害传染病防治罪与他罪的关系以限制妨害传染病防治罪的适用;在责任阶层,可降低期待可能性理论的适用标准,借此限制妨害传染病防治罪的适用。