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淹涝胁迫对水稻生产造成了严重影响，发掘可应用于耐淹涝辅助选择的分子标记（MAS），将有助于水稻耐淹涝性状的遗传改良。应用耐淹涝材料FR13A和淹涝敏感材料IR39595—503—2—1-2为亲本做正反交获得F1和F2代群体。对正反交的F1群体的耐淹涝性状进行遗传分析，发现正反交的F1代群体在耐淹涝性状上没有显著差异，说明耐淹涝性状是核基因控制。从两次淹涝处理中F2代群体的分离情况来看，来源于FR13A的耐淹特性表现出数量-质量性状遗传的特点。当淹涝胁迫压力比较轻时表现为数量性状遗传，具有微效多基因的作用。