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各类专项资金是高等教育投入的重要组成部分,近年来,随着国家"双一流"建设的推进,地方财政也加大了对地方高校学科内涵建设的投入力度,高等学校如何增强自身的资金管理能力,实现专项资金的绩效目标是一个值得探讨的课题。以上海地方高水平大学建设为例,从工作实践出发,提出目前高校专项资金预算执行中普遍存在的问题以及解决的对策。