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作为中国人类学的代表,林惠祥对我国人类学的发展做出了较大贡献。在人类学的教学上,林惠祥积极倡议在厦门大学成立人类学系和人类学研究所。由于当时国内的人类学正处于分科发展的阶段,他的倡议没有被采纳,直到他逝世后的1984年4月,国家教育部才批准厦门大学成立人类学研究所;在同年的9月,厦门大学增置人类学本科,招收人类学研究生。林惠祥还开辟了台湾少数民族、台湾与大陆关系等学术新领域,丰富了中国人类学研究的内容。