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综述了现今广泛用于人类基因组计划的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)发掘的生物信息学方法及相关研究进展。介绍了目前已经开展的围绕水稻品质、抗 (耐 )性等性状的SNP发掘工作。结合自身的研究 (包括HD Zip转录因子编码基因等 ) ,探讨了生物信息学方法用于水稻SNP发掘的可行性。最后阐述了SNP的开发对于水稻育种和功能基因组学研究的重要作用。